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2016中美蛋白质组学信息技术高级研讨班开始报名

浏览数:220

2016中美蛋白质组学信息技术高级研讨会

上海市生物信息学会盛情邀请您参加2016910-14日的2016中美蛋白质组学信息技术高级研讨会。本次研习会将帮助参加学习的人员深入了解蛋白质组学原理方法及开源软件(TPP)的高级课程,由美国西雅图系统生物学研究所TPP研发团队核心成员来华亲自授课,专注于利用其开源软件对大规模定量蛋白质组学实验、靶向定量方法、蛋白相互作用实验等串联质谱数据的存储、分析、验证和功能注释等。通过日常讲座和实践教程的学习,学员能够熟练使用这些工具,如 PeptideProphetiProphetProtein ProphetASAP RatioTPP的其他组件。我们将展示如何通过TPP来利用亚马逊网络服务的云计算扩大计算能力。课程中也会有对靶向定量蛋白质组学的指导,以及如何使用SPC的资源(如SRMAtlasSWATHAtlas)、相关工具和其他软件包进行蛋白质组学研究。    

时间:201691014

地点:上海交通大学医学院(上海市重庆南路227号)

主办单位:

上海市生物信息学会

上海交通大学系统生物医学研究院

上海生物信息技术研究中心

西雅图系统生物学研究所

Institute for Systems Biology, ISB

协办单位:

上海交通大学医学院图书馆

上海药物转化工程技术研究中心

上海交通大学系统生物医学教育部重点实验室

合作单位:

金弗康生物科技(上海)有限公司

上海博苑生物科技有限公司

主讲人:

Robert Moritz教授,现任系统生物学研究所(ISB)蛋白质组学中心主任,世界蛋白组学学会(HUPO)组织副主席。在Richard J. Simpson蛋白质结构实验室从事科研工作期间,他设计并发展了被业界广泛采用的蛋白质组学微色谱分析、微分离等技术。同时,Moritz教授在细胞因子、蛋白质受体及其三维结构、蛋白相互作用等研究领域也取得了重大进展,相关文章发表在Nature等期刊上。20052006年底,Moritz教授建立澳大利亚蛋白质组学计算中心并担任主任,目前该中心已可以供全世界蛋白质组学研究人员进行数据分析。2008年至今,Moritz教授一直致力于将ISB蛋白质组学中心发展为全球型的蛋白质组学数据在线分析平台。2016728日的Cell期刊上,本次培训班讲员——美国系统生物学研究所的Ulrike Kusebauch博士与Robert Moritz教授作为第一作者和通讯作者发表了论文Human SRMAtlas: A Resource of Targeted Assays to Quantify the Complete Human Proteome.开发出人类SRMAtlasHuman SRMAtlas)这项研究成果也是史上首次定量检测完整的人类蛋白质组。

中方特邀嘉宾:

中科院上海生命科学研究院李亦学教授

上海交通大学严威教授

收费标准:

单人价3000元,两人优惠价5500元,三人优惠价8000

课程形式:

讲座采用英文授课,中文答疑支持中文提问现场软件实际操作培训采用可提供一对一的中文操作答疑。

注册报名:

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课程安排


日程
课程介绍
910
第一天
特邀嘉宾报告
李亦学教授蛋白质组生物信息学进展
严威教授蛋白质组学新方法及应用
Robert Moritz            Democritization of advances in quantitative proteomics
Alexander Makarovd(待定)
911
第二天

蛋白质鉴定

主讲人: Luis
  • TPP开源软件平台进行系统性介绍
  • 系统讲解来自各种质谱产生的数据处理流程,从数据格式(data format)及其转换(msconvert等软件),到多种搜索引擎(X!TandemComet等)的基本原理和使用步骤、参数选择等。
  • 学习如何使用Pep3DTPP中的可视化应用组件对数据质量进行比较、展示、质控等应用。
912
第三天
PeptideProphet
SpectraST
Amazon Cloud

主讲人:Eric
  • 使用搜库结果,对其中的PSMpeptide spectra match)进行统计学分析和评估(PeptideProphet)
  • 使用本地搜库数据或者公共可用谱图资源(例如NistGPM)建立谱图库并进行基于谱图库的蛋白鉴定(SpectraST)
  • 如何在amazon cloud上使用TPP
913
第四天

iProphet
PTMProphet
reSpect
ProteinProphet

主讲人:David
  • 如何对特异性肽段序列鉴定结果进行评估,如何可靠合并来自不同搜索引擎的搜库结果(iProphet)
  • 通过TPP中的PTMProphetLCMS中的PTM鉴定结果进行评估
  • 如何通过TPP中的 reSpect组件重新对已有数据进行深入挖掘,从而发现更多的肽段(尤其是低丰度肽段)
  • 如何基于肽段鉴定结果,进行蛋白鉴定并对鉴定结果进行统计学分析和评估(ProteinProphet)
914
第五天
Xpress
ASAPRatio
Libra
PeptideAtlas
SRMAtlas
SWATHProphet

主讲人
DavidUlrike
  • XPRESSASAPRatio: 如何从同位素标记的串联质谱采集数据中计算肽段和蛋白质的相对含量,并对蛋白比例进行全自动的统计学分析。
  • Libra:利用Libra对同位素标记样本进行定量分析(例如iTraq,TMT,SILAC)
  • PeptideAtlasSRMAtlas:多物种的肽段鉴定公共数据库(PeptideAtlas)和靶向蛋白组学实验数据公共资源库(SRMAtlas)介绍及其使用技巧
  • SWATHProphet:如何利用TPP进行SWATH数据分析


注意事项

  • 发票于研讨会结束前发放;

  • 99日报名截止,汇款学员视收到汇款凭证(截图、扫描件)为成功报名;

  • 研讨会提供服务器练习环境、专业教室,笔记本电脑需自带,提供5天免费午餐,免费参加欢迎晚会和结业典礼。

收款信息:

单位:上海市生物信息学会

开户银行:上海银行漕河泾支行

银行账号:31687400600039368

联系方式

电话:021-33938669

手机:15601874178

联系人:罗老师

邮箱:yizhe.luo@geneforhealth.cn

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