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如何从已知基因预测其相关的MicroRNA ?
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miRNA主要通过与靶mRNA的结合,或促使mRNA降解,或阻碍其翻译,从而抑制目的基因的表达。用生物信息学方法准确快速地预测miRNA的靶基因,可以为研究miRNA功能提供线索。


预测miRNA调控的基因,有不少工具程序。用的比较广泛miRWalk,miTarget,microTAR,TargetSCAN,RNAhybrid等。一般来说,可以预测miRNA靶基因的软件也可以反过来进行预测,即从已知基因预测其相关的miRNA。具体详细的方法大家可以看下@wuji2009总结,这是网址http://www.dxy.cn/bbs/thread/29510466#29510466。


今天要用到的是一款在线的组学数据分析平台-Omicsbean,用来从已知基因预测其相关的miRNA,不仅操作简单,而且功能强大。


首先需要上传数据并根据自己的实验设计选择基因寻找miRNA。



上传之后在功能富集PPI下不仅可以预测到基因相关的miRNA,还可以顺便对这些基因做功能分析(详细信息在此不再赘述)。



从PPI中可知,参与细胞增殖的两个基因分别为RAPGEF1和NOTCH1,而与这两个基因各自相连的即为预测到的MicroRNA,后续还需要文献查询和实验验证。