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如何对GEO数据库中已有的数据进行分析?
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随着微阵列芯片技术尤其是基因芯片的广泛应用,产生了海量的数据,为基因研究提供了大量的高通量数据资料,而GEO数据库就是当今最大、最全面的公共基因表达数据资源。用户不仅可以上传自己的数据,而且还可以免费下载数据库中和自己研究方向类似甚至相同的数据来进行分析,为自己的研究提供一些启示或者验证。这次要介绍的是如何对GEO中已有的数据进行分析。




第一步,首先我们要做的就是从GEO将相应的soft文件下载,如下图所示



第二步,将改soft文件上传至omicsbean,使用其中GEO2Matrix(ConvertMicroarray data in SOFT format from GEO database To Matrix)工具将soft文件转换为矩阵文件,如下图



第三步,将矩阵文件中的所有组别的丰度值和Gene Symbol那一列拉出来,组成一个新的矩阵文件,并根据分组信息(在下载soft文件的那个页面可以看到)建一个分组文件,如下图


第四步,并将这两个文件上传至omicsbean



上传成功之后即可对差异列表进行功能富集

 



就可以得到如下的图表(只展示部分结果)