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生物统计助力农作物品系分型

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明确与抗旱品系好坏相关的因素对于品系分类,改良都有重要意义。淮阴师范的玉米研究团队为了解决这个问题,选择了三种品系,包括不抗旱(B,Lo1016),中等抗旱(A),以及抗旱(GLo964 ,Va),并测量了17种指标,见表1。希望能找到能用于明确分类的指标。

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先通过clustering, PCA两种不同手段对实验指标数据进行分析,得到单一分类指标的可靠性。发现对于NOS而言,无论用哪种算法,都可以非常准确的将6个品系分成3个类别,抗旱,中等抗旱和不抗旱,见图1和2。


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图1PCA分析结果

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图2 clustering   分析结果


进一步,我们利用相关性计算,从计算结果发现NOS和GSNOR这两种酶具有强相关,GSNORclusteringPCA分析结果中,也可以准确的进行3组分类,图3。

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图3 不同指标的相关性分析


点评:这个项目利用了统计学中三种常用算法对数据进行分类,最终发现了两种明确的分类指标。Clustering, PCA, Correlation也是在生物信息组学分析中常用的手段,可以用于数据质控(判断生物重复好坏,分组间关系的准确性)和寻找稳定的亚型分组。


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